[重磅·搬运工] 巴塞尔报告（第七期，2022年10月20日）
前言
（上期请见：《巴塞尔报告（第五期，2022年9月19日）》）
这里首先解释两句：由于作者Cornelius小哥前几天有其他工作要忙（其实就是996疯狂加班命名新毒株），所以本来说好了从不迟到巴塞尔报告破天荒地晚了几天，然后呢，也由于本搬运工的拖延症发作了，所以搬运环节又晚了几天……两边一合计，都快迟到一个星期了，实在不好意思
不过本期的干货比较多，内容也比较重磅，多等几天应该也是值得的啦~
另外，从前两期开始，这份定期报告已经放在了巴塞尔大学Richard Neher老师的github公开页面里，以后各位可以自己去啃原文了~传送门：https://github.com/neherlab/SARS-CoV-2_variant-reports/blob/main/reports/variant_report_latest_draft.md
照惯例，首先瞅一眼近期变异株增长速度排行榜。
——请品鉴啦（可能需要点开大图）：
以上排行榜按相对增长速度的置信区间最小值排名； 老规矩，基线用的BF.7。但请留意，现在BF.7家族已经细分化了，增速高的子分支们已经被剥离了出去（比如BF.7.2），所以BF.7本尊就变慢了，并因此反衬得其他变异株的增速绝对数字通膨——但相对排名基本不受影响； 一句话总结——XBB家族和BQ.1家族几乎瓜分了第六阶和第七阶； 第五阶第一梯队则陷入军阀割据状态，BA.2.3.20、BN.1、CH.1.1、BR.3等开始群雄逐鹿； BF.7.2异军突起，一举打入第六阶……不过由于BF.7.2的早期序列可能跟某个聚集性爆发相关，导致取样缺乏随机性，所以排名还需要再观望确认。
下面开始正式搬运。
第一部分，一大波免疫逃逸专精变异株正在席卷全球
如标题所述，当前有多种免疫逃逸能力强悍的变异株正在世界各地取得优势毒株地位；
因为之前已经提到过很多次的趋同演化效应，现在全球范围内并没有出现单一毒王，而是呈现出分地区割据的态势；
其中最抢眼的是BQ.1.1和XBB，这两种变异株正好也是曹老师他们中和测定结果的前两名……此处应有曹老师中和测定图…但之前已经放过太多次了，这次就免了吧，详见：《巴塞尔报告（第六期，2022年10月2日）》。
第二部分，BQ.1.1即将在欧洲和北美登顶
BQ.1.1的主场是欧洲和北美，在主场这货相对于BA.5的增长优势是每天10%到15%左右，或者相当于每周数量翻一番；
BQ.1.1在欧洲的根据地是法国，截止10月中旬的流行率已超过三成；在其他欧洲国家/地区的占比则在10%到20%之间；
在北美，BQ.1.1的市占率差不多有一成左右；
按照每周翻一番的桀纣，BQ.1.1将在两到四周之后在欧洲和北美登顶，基本符合上一期的预测；
但由于市面上存在相对增速跟BQ.1.1打平手的变异株，所以也有一种可能，BQ.1.1市占率在超过50%之后，后续提升速率会比较慢……但这是多种强力毒株神仙打架的结果，并不意味着感染人数会因此下降——刚好相反，如果出现了传说中的神仙打架，那么感染人数只会涨得更快；
最后，BQ.1.1在亚洲和大洋洲的存在感暂时比较低。
拍老师的画外音：跑个题啊，关于BQ.1.1在欧洲的根据地法国，昨天咱在微博一条辱法段子，希望大伙儿喜欢~
（图源：卡罗林斯卡医学院Ben Murrell老师，鸣谢！）
第三部分，XBB已制霸部分亚洲国家/地区
此处省略一大段关于XBB的各种介绍……毕竟咱之前已经介绍过了，而且还更详细，请见：《XBB》，以及《XBB，大趋同时代的邪恶结晶》；
XBB在亚洲的增长优势，似乎跟BQ.1.1在欧洲/北美的增长优势处于差不多的水平，但由于亚洲地区测序力度较弱，所以置信区间更宽一些。
拍老师的画外音：下面补两张图:
↑ 截止2022年10月9日（以取样日期为准），XBB在新加坡的流行率曲线（已经排除输入病例）
↑ 截止2022年10月19日，香港输入病例新冠测序记录当中，XBB（红色）、BQ.1.1（橙色）以及BA.2.75.2（蓝色）的数量。
第四部分，XBB和BQ.1.1之间的胜负还不明朗
由于此前XBB和BQ.1.1的地理分布不重合，所以暂时还没办法横向对比这两个毒王候选人；
目前这两大候选人在韩国、日本和土澳都处于初始输入阶段，流行率差不多，所以不妨多关注这几个地方之后的表现；
而其他国家/地区则可以用来关注另外一个有趣试验，即：在XBB或BQ.1.1其中之一登顶后，被其征服过一遍的宿主们，对另外一家有没有什么交叉免疫保护？
毕竟……请看下图……
↑ XBB vs BQ.1.1的韦恩图（顺便拿Delta陪跑）
拍老师的画外音：
XBB和BQ.1.1都是趋同演化的排头兵，
分别处于天梯榜的第七阶和第六阶，
乍看起来应该趋同程度很高了对吧？
然而很遗憾， XBB和BQ.1.1各有12个/5个特征突变……
如果只看刺突蛋白S1结构域的话，
XBB和BQ.1.1之间的抗原距离，比两者到Delta的抗原距离更远。
这就是咱一直强调的：
所谓大趋同时代，其实就是大分化时代，一体两面而已。
第五部分，当我们讨论“趋同演化”时，我们在讨论什么？
需要记住的是，BQ.1.1跟XBB，并不是当前市面上唯二两种处于数量扩张状态的变异株。市面上还有不少具有趋同热点突变的其他变异株，它们的绝对数量也在扩张，并且它们的相对增长速度并不比BQ.1.1或XBB慢太多~
大流行以来，直到最近为止，在变异株内卷的过程中，一桶浆糊的，往往都是单个变异株；
但现在情况不一样了……现在已经进入大趋同时代，但凡手气好，每抽中一个刺突蛋白RBD结构域的特定趋同演化热点突变，就可以获得明显增长优势；手气越好，抽中越多，则增长优势越明显。所以…现在似乎可以依照各个变异株入手热点突变数量，来给它们划分阶位。
——详见：
——或者换成咱自己的版本：
参见：《天阶序论》
至于每一阶的具体增长优势，请回头品鉴一开始的排行榜。
第六部分，演化路径的变迁：跃迁演化、逐级演化，还是重组？
直到最近为止，新冠病毒演化的主要路径还是依靠跃迁演化。Alpha、Beta、 Gamma、Delta、BA.1、BA.2、BA.5、BA.2.75……历代毒王都是经历了超长branch的产物，都极有可能诞生于免疫缺陷病例持续感染的练功房；
但目前看来，刺突蛋白RBD结构域逐级演化的比重似乎越来越大，不管是BQ.1亚谱系还是BA.2.75亚谱系，其徒子徒孙们都展现出这种演化路径的变化趋势；
但与此同时，XBB横空出世了……这是大流行以来第一次有重组株展现出显著增长优势，并取得区域性主流毒株地位；
接下来需要密切关注这一演化路径调整的方向，是否会出现更明显的逐级演化？或者更多的强力重组株？还是会再一次发生跃迁演化机械降神？
拍老师的画外音：
补充一嘴，最近虽然确实观察到逐级演化式变异株取得竞争优势，但跃迁演化的例子其实并不少……比如BA.2.3.20、BS.1和BA.2.83都是最近冒头并获得命名的跃迁演化式变异株。
另外，关于逐级演化和跃迁演化的详细讨论，可以参考《激战！流感VS新冠！（演化路径篇）》。
以上，搬运完毕。鸣谢Cornelius小哥和Richard Neher老师的瑞士内参。
各位，散会啦！
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